《史记》记载甚详：“至平原津而病，始皇恶言死，群臣莫敢言死事。上病益甚，乃为玺书赐公子扶苏曰：‘与丧会咸阳而葬。’书已封，在中车府令赵高行符玺事所，未授使者。七月丙寅，始皇崩于沙丘平台。”
平原津今属山东省德州市，是古黄河上重要渡口之一。沙丘位于今河北省邢台市广宗县大平台村南，是一个长米，宽70米的沙丘。
秦始皇当年仅49岁，巡行途中，曾登高山、涉大河，并在海上亲自操弩，准备射杀鲛鱼（即鲨鱼，一说是鲸鱼），但鲛鱼没来，后在之罘（今山东省烟台附近），终于干掉一条。从平原津到沙丘，不过多公里，也就是说，尚属壮年的秦始皇从发病到去世，才挺了两三天，所以历代史家对秦始皇之死充满怀疑。
比较主流的说法有两种：
其一，胡亥、赵高谋杀说。
其二，秦始皇患病说。
古人多信前者，今人多崇后说。
蒙毅为什么离开秦始皇
司马迁倾向于“谋杀说”，在《史记》中，他反复暗示胡亥、赵高有谋杀动机。
秦始皇发病时，派蒙毅“还祷山川”，蒙毅是大将军蒙恬的弟弟，与秦始皇出则同车，此时被支走，引人怀疑。但蒙毅官拜上卿，相当于丞相，胡亥、赵高不可能调动他。
蒙毅离开，因在当时，祷疾是常用治疗手段，属于《周礼·大宗伯》所记载“五礼”中的吉礼。人们患病后，常去神山祈祷。
《史记》曾记载：“武王病……周公乃祓斋，自为质，欲代武王。”意思是周武王患病后，周公便通过斋戒，祈祷神明将病转到自己身上。这在后来成为大臣的义务：君主生病时，臣子应祈祷以身相代。
至少从春秋时起，宫廷中便有祕祝一职，负责把君主的疾病、坏运气等，转嫁到臣子身上。楚昭王曾见云如“众赤鸟，夹日以飞，三日”，便去问卜，卜官称是患病之兆，建议让祕祝转嫁到令尹（相当于丞相）、司马（军事最高长官）身上，但楚昭王认为人各有命，拒绝了这个建议。
转嫁疾病不太光彩，所以将该职位名为祕祝，祕即秘。
秦始皇死后，尸体发出臭味，随从的车都载有两筐咸鱼以掩盖。古人认为鱼掌疾病，载咸鱼可转嫁疾病，以示秦始皇还没死。
神山遍地皆有，本可就近祷疾，但秦始皇平定六国后，不愤于神山多在关外，下令取缔诸多神山名号，转给关中的山，以致关中神山占天下六成。所以蒙毅“祷山川”，必须得“还”，即回关中去，不得不离开秦始皇。
《赵正书》有两个疑问
蒙毅一走，胡亥、赵高确实有了下手机会。但随着出土文献《赵正书》被公开，其中称：“丞相臣斯、御史臣去疾昧死顿首言曰：‘今道远而诏期群臣，恐大臣之有谋，请立子胡亥为代后。’王曰：可。”证明秦始皇生前便同意胡亥为接班人，胡亥、赵高并无作案动机。
《赵正书》有两大疑问：一是作者是汉朝人，所记未必准确；二是文字的现场感太强，近似小说。但它从侧面证明，至少在汉初，部分人认为胡亥并非篡位。吕思勉先生曾说：“古太子皆不将兵。使将兵，即为有意废立。”认为秦始皇早已取消了扶苏的继承权。
胡亥登基后，也曾巡行天下，3个月行程近1万公里，每天至少90公里，可见其勤，但经后代史家书写，胡亥被视为荒淫、残暴、懒惰的昏君。
将“谋杀说”普及化的，是郭沫若先生的《秦始皇之死》，它本是一篇小说。郭沫若曾在日本学医多年，他认为秦始皇患有癫痫症和结核性脑炎，但这两种病不会让人猝死，所以谋杀的可能性更大。
小说称胡亥、赵高在食物中下毒，令秦始皇病倒，二人又用铁钉插入秦始皇耳道，使其暴毙。因古人无解剖术，所以事后无人发现。这本是明清公案小说的常见情节，却被许多人信以为真。
秦崇法家，管理极严。据《史记》载，秦始皇去世前两年，一次去咸阳郊外的梁山宫游览，远望丞相李斯随行车马过多，很不高兴。几天后，见李斯随行车马锐减，秦始皇怀疑身边侍卫透露了消息，便将他们全部杀死。
在这样的氛围下，下毒、扎铁钉等，不太可能。
秦始皇没得哮喘病
“谋杀说”有难以回避的解释困境，但郭沫若提供了一个很好的思路，即从疾病的角度看历史。
据《史记》载：“秦王为人，蜂准，长目，挚鸟膺，豺声，少恩而虎狼心。”
古人称鼻子为“准”，郭沫若认为“蜂准”是“马鞍鼻”，即塌鼻梁，但也有人认为是鹰钩鼻。
至于“挚鸟膺”，就是鸡胸，与小儿营养不良有关，是佝偻病的一种表现。考虑到秦始皇出身贵族，他的“挚鸟膺”可能来自家族遗传（20%—30%的鸡胸患者有家族遗传）。
对于“豺声”，则争议较大。郭沫若认为秦始皇患有支气管炎。有医学专家进一步提出，支气管炎不至于对发音造成如此大的影响，应该是哮喘，而哮喘可能引发猝死。
从史料看，历史上很多名人都是“豺声”。比如楚国皇子商臣便是“蜂目而豺声，忍人也”，晋朝的王敦也“蜂目已露，但豺声未振耳”。可见，“豺声”只是比喻，未必是一个医学指标。
春秋战国时，患病的王子会被取消君位继承权。《左传》记载：“崔成有疾而废之，而立明。”《公羊传》也明确说：“兄何以不立？有疾也。”不仅是患生理疾病的会被取消继承权，患心理疾病的也会被取消继承权。
在当时，秦国医学在诸国中最发达，人们常用“秦医”代指良医，晋国君主曾两次请秦医诊病。如果秦始皇真的体弱多病，是不可能上位的，由此看来，他的“挚鸟膺”应该不是太明显。
秦国本是医疗强国
受西方人类学研究影响，现代学者多认为中国上古史也有一个巫医不分、巫医对抗的阶段，但实证不足。在《周礼》中，巫属春官，医属天官，分野清楚。巫也负责治疗，医则分食医、疾医、疡医等。在当时，巫与医是相互配合的关系。
《周礼》表达的是治国方案，官职未必实有。从实践看，秦国是最早在制度上将巫医分开的诸侯国。
秦国设有太医令、太医丞等医职，并有泰医左府、泰医右府等医疗机构，此外还设有左礜桃支、右礜桃支、左礜桃丞、右礜桃丞等。
所谓礜桃支，礜即礜石，是一种有毒的石头，可提炼砒霜，人服用后会产生幻觉。桃支即桃枝，古人认为有驱鬼作用。可见，礜桃支是用巫治病的机构。
巫多用祝由术，即用一些特殊动作来治病。比如治疗蛇咬伤，可用“吐气”；治烧伤，可用“唾”；治疣，可用“敝帚扫”；治颓疝（男性睾丸肿胀，女性腹肿），可用“禹步”（之字形前进）。
春秋时，晋侯因梦成疾，秦派医缓去诊治，医缓诊断说：“疾不可为也，在膏之上，肓之下。”因断症准确，被晋侯赞为“良医也”。这是典籍中最早记录的一个医案。
后代晋侯患病，晋国上下束手无策，秦又派出医和，医和指出：“是谓近女室，疾如蛊。”蛊可能是指性病。
战国时，秦国又有名医医呴，曾“为宣王割痤，为（秦）惠王疗痔，皆愈。张子肿背，命呴治之，遂愈”。
秦穆公之前，秦与中原少往来，诸侯视为蛮夷，为何医术却如此发达？这可能与秦地处西周故地、继承了周代医学成果有关。
乱扔垃圾会被剁手
秦国医学发达，可能是统一六国的重要原因之一。
据熊建雪《关中地区周秦时期人类体制健康状况研究》，从出土骨殖看，战国时秦国人的身高明显高于西周人，寿命也有显著增长，婴儿死亡率则明显下降。在战国时期，秦国所在的关中地区死于壮年期前的人口不足40%，死于老年期的占20%，而其他国家壮年期之前的死亡率高达60%，死于老年期的仅占很少一部分。
在《睡虎地秦墓竹简》中，记录了这样的个案：某人被邻居们扭送到官府，因怀疑他患有“毒言”，即一种传染病，可通过唾液传播，在岭南一带多见。此人称自己的外祖母是“毒言”患者，曾与30多人共用过杯具，被定有罪，30多岁时被迁到其他地方。官吏召医工查验，认为某人未被传染“毒言”，便予以释放。
从这条记载中可见，秦朝已建立了严格的传染病隔离制度，基层亦设有“医工”。在《睡虎地秦墓竹简·法律答问》中，明确提出，发现染疠（可能是麻风病）者，应立即送往“疠迁所”隔离。对于染疠者，可视同罪犯，甚至能“定杀”，即“生埋之”，或“杀水中”。
此外，秦特别重视环境卫生。《史记·李斯列传》记载：“商君之法，刑弃灰于道者。”即严禁乱扔垃圾。从考古看，临潼汉新丰城遗址中，在靠近居民区处，设有多处垃圾坑。不守法者可能遭“断其手”的惩罚。
有了相对完善的医疗体系，所以秦国可以持续对东方用兵。
慢病才是真凶手
秦的医学水准颇高，可秦始皇去世前，医生们为什么没发出预警呢？
从史料看，秦始皇重视保健，侍医不离左右。荆轲行刺时，侍医夏无且以药袋投荆轲，救了秦始皇一命。为长生不老，秦始皇还常年服食丹药。由此看来，以往“患病说”认为秦始皇死于中暑、佝偻病等，说服力不足。
医学学者施琪嘉认为，秦始皇很可能患有慢病，即“死亡的前几年，身患糖尿病、前列腺炎”，古代丹药多含汞，长期服用，可能造成肝中毒。
秦始皇患慢病，源于工作压力过大。“天下之事无大小，皆决于上……日夜有呈”，他每日批阅的文书多达20万字。长年超负荷工作，会引发慢病。且秦始皇私生活失谨，统一天下后，取六国美女入后宫。秦始皇共有24个儿子、10个女儿，这还不算早殇的。
秦始皇13岁即位，22岁才亲政。司马迁说他“居约易出人下，得志亦轻食人”，意思是身在人下时，非常平易近人，得志后，便特别暴虐。因长期受压抑，秦始皇多疑、胆小、易怒。人格障碍也会引发慢病。
肝中毒有很强的隐蔽性，初期表现为食欲下降、消化功能减弱，有时腹胀、腹痛，常被误认为是劳累所致。
秦始皇一生决策失误均出在生命的最后5年，修骊山墓、长城、阿房宫、驰道等，动用人力达万，加上后勤征用，动用了秦朝全部2千万人口的一半。这些决策失误可能与病情加深、引发性格变化有关。
秦始皇最后一次出巡长达9个月，行程近万里，是历次出巡中最长的一次，加上去世前正值炎夏，秦始皇的病情突然发作，最终暴毙。
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